根據實驗動物微生物控制標準，實驗動物可分為四個等級，即普通動物、清潔動物、無特殊病原體動物、無菌或可棲息動物。
第一類普通動物(CV)是指微生物不受特殊控制的普通動物。要求排除人畜共患病病原體和少數實驗動物嚴重傳染病病原體。為了預防傳染病，在飼養和繁殖實驗動物時，應采取一定的措施，并保證用于檢測的結果具有反應的重現性(即無論不同的操作者，在不同的時間，用同一品系的動物進行實驗，都能得到幾乎相同的結果)。
二類清潔動物(CL)要求消除人畜共患病和重大動物傳染病病原體。
無特殊病原體動物(SPF)，要求到二級外，還要排除一些規定的病原體。其除菌與滅菌的方法，可使用高效空氣過濾器除菌法、紫外線滅菌法、三甘醇蒸氣噴霧法及氯化鋰水溶液噴霧法。
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四級 無菌動物(GF)或棲生動物(GN)，無菌動物要求不帶有任何用現有方法可檢出的微生物。棲生動物要求在無菌動物體上植入一種或數種已知的微生物。
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四類實驗動物的病理檢查標準
在病理學檢查上，四類實驗動物也有不同的病理檢查標準。
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一級 外觀健康，主要器官不應有病灶。
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二級 除一級指標外，顯微鏡檢查無二級微生物病原的病變。
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三級 無特殊病原體動物。無二、三級微生物病原的病變。
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四級 不含二、三級微生物病原的病變，脾、淋巴結是無菌動物組織學結構。
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動物房設計管理上的要求
對不同級別的實驗動物在動物房設計上和管理上則有不同的要求。
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無菌、已知菌以及無特殊病原體動物都需要在無菌或盡可能無菌的環境里飼養，這種環境，目前國際上通用稱為屏障環境，即用一道屏障把動物與周圍污染的環境隔開，就如胎鼠在母鼠子宮內一樣。這種環境從控制微生物的角度分為隔離系統、屏障系統、半屏障系統、開放系統和層流架系統等五大類。
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A隔離系統
是在帶有操作手套的容器中飼養動物的系統，用于飼養無菌動物和棲生動物。內部保持按微生物要求的100級的潔凈度，但其設置的房間及操作人員不必按無菌室考慮。
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B屏障系統
把10000~100000級左右的無菌潔凈室作為飼養室，主要用于無特殊病原體動物的長期飼養和繁殖。入室施行嚴格管理，如淋浴、換貼身衣服等。
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C半屏障系統
放寬對屏障系統中人及物出入房間時的管理，平面組成大致與屏障系統相同。
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D層流架系統
籠具放在潔凈的水平層流空氣中。常用于小規模飼養，但在一般房間進行飼養、操作和處理時有被污染的危險性。可用于半屏障的補充。
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E開放系統
是對人、物、空氣等進出房間均不施行消除污染的系統，但通常要進行某種程度的清潔管理。
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